Leveraging structural and 2D-QSAR to investigate the role of functional group substitutions, conserved surface residues and desolvation in triggering the small molecule-induced dimerization of hPD-L1

Ahmed, Marawan; Ganesan, Aravindhan; Barakat, Khaled

doi:10.1186/s13065-022-00842-w

Table 1 Thermodynamic properties for water hydration sites

From: Leveraging structural and 2D-QSAR to investigate the role of functional group substitutions, conserved surface residues and desolvation in triggering the small molecule-induced dimerization of hPD-L1

Site index	Occupancy	Esw	Eww	Etot	TSsw_trans	TSsw_orient	TStot	Kss_Score
W13	0.56	− 2.73	− 5.87	− 8.60	1.09	− 0.98	0.11	0.52
W3	0.99	− 4.63	− 4.38	− 9.01	2.20	− 1.86	0.33	0.51
W28	0.34	− 1.72	− 7.00	− 8.72	0.66	− 0.43	0.23	0.27
W14	0.52	− 2.41	− 6.87	− 9.28	1.02	− 0.77	0.25	0.13
W26	0.35	− 1.28	− 7.92	− 9.20	0.62	− 0.54	0.08	0.11
W16	0.49	− 3.98	− 5.33	− 9.31	1.23	− 0.93	0.31	0.11
W23	0.45	− 3.33	− 6.33	− 9.66	0.92	− 0.91	0.00	− 0.06
W29	0.32	− 0.74	− 9.08	− 9.83	0.60	− 0.40	0.19	− 0.10
W31	0.29	− 8.19	− 1.68	− 9.87	1.01	− 1.03	− 0.01	− 0.10
W30	0.28	− 1.57	− 8.34	− 9.91	0.54	− 0.63	− 0.08	− 0.11
W12	0.59	− 7.43	− 2.33	− 9.76	1.95	− 2.25	− 0.30	− 0.13
W25	0.34	− 4.94	− 5.13	− 10.07	0.81	− 1.00	− 0.19	− 0.18
W10	0.69	− 6.03	− 3.79	− 9.82	1.54	− 1.29	0.25	− 0.20
W17	0.48	− 3.17	− 6.84	− 10.01	0.90	− 1.16	− 0.26	− 0.23
W21	0.43	− 12.59	2.45	− 10.14	1.46	− 1.50	− 0.04	− 0.26
W18	0.48	− 3.63	− 6.47	− 10.10	1.08	− 0.50	0.59	− 0.27
W24	0.4	− 2.96	− 7.46	− 10.42	0.98	− 0.46	0.53	− 0.36
W19	0.45	− 7.74	− 2.79	− 10.54	1.09	− 1.27	− 0.17	− 0.45
W27	0.37	− 9.48	− 1.46	− 10.94	0.96	− 1.49	− 0.52	− 0.52
W7	0.81	-8.44	− 1.92	− 10.36	1.69	− 1.55	0.14	− 0.67
W15	0.5	− 8.53	− 2.45	− 10.98	1.27	− 1.27	0.01	− 0.72
W20	0.45	− 9.11	− 2.07	− 11.18	1.23	− 1.64	− 0.41	− 0.74
W11	0.67	− 8.69	− 2.23	− 10.91	1.56	− 2.04	− 0.48	− 0.93
W8	0.8	− 4.73	− 6.01	− 10.74	1.60	− 2.27	− 0.68	− 0.97
W9	0.77	− 6.54	− 4.30	− 10.84	2.13	− 2.56	− 0.43	− 1.01
W22	0.43	− 13.37	0.82	− 12.55	1.29	− 2.04	− 0.75	− 1.30
W5	0.95	− 6.73	− 5.82	− 12.55	1.94	− 2.72	− 0.79	− 2.87
W2	1	− 15.69	1.85	− 13.83	2.44	− 2.99	− 0.55	− 4.30

Back to article page

ISSN: 2661-801X

Contact us

Submission enquiries: bmcchemistry@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com

BMC Chemistry

Contact us